Thái tử mất tích kể câu chuyện lấy bối cảnh thời đại Joseon, Lee Geon (do Suho EXO thủ vai) là thái tử của một vương quốc có cuộc sống đầy xa hoa và lạc thú. Cuộc sống thoải mái của thái tử bất ngờ thay đổi khi anh bị Myung Yoon (Hong Ye Ji thủ vai) bắt cóc. Cô là công chúa tương lai, người đã hứa hôn với anh. Choi Myung Yoon là con gái của Choi Sang Rok, người có tài về y học và cưỡi ngựa. Động cơ của vụ bắt cóc này là một bí ẩn xuyên suốt câu chuyện. Đặc biệt bởi sự kiện này đã thực sự ảnh hưởng tới số phận tương lai của Lee Geon. Trong khi chạy trốn để thoát thân, cả hai bắt đầu nảy sinh tình cảm với nhau.